许东的「AI生命科学」进化史：从90年代泡沫繁荣，到深度学习复兴( 六 ) 命运攸关的时刻充满戏剧性

帮许东做决定的，是一场会议。
这场会议由美国国立卫生研究院举办，邀请知名学者做分享，其中三位就是后来的2013年诺贝尔奖得主——MartinKarplus、MichaelLevitt、AriehWarshel 。
当天，许东赶到现场。他忘了那三位学者说了什么，但他对台上三个人侃侃而谈的样子记忆犹新。那种感觉让他心动，有几秒钟让他好像看到自己未来的样子。
那一晚从会议里走出来，许东心里有了答案。许东把希望放在了新的研究领域。
此前在分子动力学领域，他经常受限于动力学的模拟时间，只能做小部分的生物学问题。现在跳出来后，他想试试能不能做一些更广谱的问题。
谈起导师Ruth ，许东称她是一位极具科研情怀的科学家，并且身为一位以色列女性学者，科研道路十分奇妙：Ruth在硕士毕业后做了八年的全职母亲，而后跟随丈夫来美国伴读，突然萌生了对生物化学的兴趣，才再读了博士、博士后，走上了学术道路。
许东表示，许多科学家对科研都有真爱，但Ruth对科研的钟爱与专注程度相当罕见，她对RNA、毒物蛋白的工作精益求精，要求极高。

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RuthNussinov教授
Ruth曾在1978年提出了用于RNA二级结构预测的动态规划算法（NussinovAlgorithm），迄今该算法及其变种仍在业内广泛使用，是生物信息学课程中常谈到的方法。
另外，她挑战了生物化学教科书中长达半个世纪倡导的生物大分子识别理论（诱导拟合机制），许东读研究生时学的就是这一理论，那时被告知生物大分子就像变形金刚一样可以粘到别的分子上，至于怎么变形及如何被驱动一直众说纷纭，没有靠谱的解释。
直到九十年代后期， Ruth用构象分布与选择替代的理论成功解释了许多分子识别的现象，并得到同行越来越多的支持，一举改写了教科书。
回忆起和Ruth相处的那两年，许东能想起很多场景。一天，许东做了一个小工作，想找个低端点的杂志草草发了。但和Ruth讨论好，并迅速写好文章交给她后， Ruth并没有像以往一样马上给许东改文章，而是直接退了回来。
Ruth找到许东说，不能因为低分杂志就不认真。接下来的日子，她和许东一起反复推敲科研细节，文章也是改了又改，最终那篇文章（《蛋白质相互作用界面的氢键和盐桥》）没有少花时间，却成为了一篇高被引的论文（被引五百余次）。
还有一次，许东和Ruth一起到香港一所大学做大会主题报告，许东提议两人出去转一转，以尽地主之谊，却遭到了Ruth的一口回绝， “我没时间，做完讲座要马上返程了，有太多的工作等着我呢。 ”
此后多年，许东慢慢跳出了分子动力学和生物大分子的研究范围，与Klaus以及Ruth的研究渐行渐远，但要说从Klaus和Ruth身上传承到什么，那就是想象力和精益求精。
“他们从不想着自己要老了，无所谓了，总觉得还有非常多的未知要解开。你会看到，他们的学术生命都很长，一生都未退休。 ”
博士后结束的二十多年后，许东仍对导师充满敬佩，他在朋友圈历数Ruth过往，并在最后写下了一段话：对于基础科学工作者来说，最高的成就莫过于把自己的学说写在教科书上，或者将自己的姓氏冠名于某个定理、算法，能做到其中之一的在学术界都是凤毛麟角， Ruth却把两件事都做到了。
1997年6月，许东博士后工作结束，注意到橡树岭国家实验室的一份招人广告——需要生物背景，从事蛋白质结构预测。 “这份工作很合适我，虽然不是一份教职，但也不是去了工业界，算是找到了一份折中又适合的工作。 ”